Resulta que una serie de problemas de Vista y aplicaciones instaladas tienen una misma receta para su solución.

El síntomas que llegan a presentarse:
-Una aplicación instalada no funciona, funciona parcialmente o marca errores extraños.
-Reinstalan o reparas la Instalación y el problema sigue afectando.

La causa general de estos problemas es haber instalado la aplicación corriendo directamente su instalador o setup.
Y lo correcto es haber hecho un click derecho [Ejecutar como administrador] para instalarla.

Incluso usando en la reinstalación esta opción, en ocasiones no es posible resolver el problema y esto se debe a que al momento de instalar por primera vez, muchas de las entradas del registro se crearon con la primer instalación y con los permisos limitados.

La solución, para estos extraños casos es restablecer los permisos en el registro. En general los 3 bases:
HKEY_CLASSES_ROOT
HKEY_LOCAL_MACHINE
HKEY_CURRENT_USER

Para restablecer los permisos se puede usar esta opción 1:
1-Entrar al Regedit.exe
2-Sobre cada base del registro dar click derecho -> Permisos… -> y en las opciones avanzadas agregar
Administradores Full Control / SYSTEM Full Control / Usuarios Full Control

Opción 2:
Descargue e instale la utilidad: subinacl (descarga en Microsoft)
Copie el siguiente código reemplazando MI_USUARIO con su nombre de usuario y peguelo en un archivo .bat o escriba cada linea directamente en el command (cmd).

cd /d “%programfiles%\Windows Resource Kits\Tools”
subinacl /subkeyreg HKEY_CURRENT_USER /grant=administrators=f /grant=system=f /grant=restricted=r /grant= MI_USUARIO=f /grant=restricted=r /setowner=administrators
subinacl /keyreg HKEY_CURRENT_USER /grant=administrators=f /grant=system=f /grant=restricted=r /grant= MI_USUARIO=f /grant=restricted=r /setowner=administrators
subinacl /subkeyreg HKEY_LOCAL_MACHINE /grant=administrators=f /grant=system=f /grant=users=r /grant=everyone=r /setowner=administrators
subinacl /keyreg HKEY_LOCAL_MACHINE /grant=administrators=f /grant=system=f /grant=users=r /grant=everyone=r /setowner=administrators
subinacl /subkeyreg HKEY_CLASSES_ROOT /grant=administrators=f /grant=system=f /grant=users=r /setowner=administrators
subinacl /keyreg HKEY_CLASSES_ROOT /grant=administrators=f /grant=system=f /grant=users=r /setowner=administrators

En cualquiera de las opciones es necesario que su usuario tenga privilegios de administrador (pertenecer al grupo Administradores)

Problema:
En Internet Explorer al tratar de descargar cualquier archivo o documento, al llegar al 99% o 100% la ventana de descarga se congela. Afectando también al Internet Explorer.

Solución:
De acuerdo al KB de Microsoft: http://support.microsoft.com/kb/914922
La solución es deshabilitar el escaneo de Antivirus al terminar las descargas del internet Explorer, Modificando los siguientes valores en el registro:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows \CurrentVersion\Policies\Attachments\ScanWithAntiVirus
y

HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows \CurrentVersion\Policies\Attachments\ScanWithAntiVirus
El Valor de ScanWithAntiVirus puede ser 1=Deshabilitado, 2=HabilitadoNota: Es necesario reiniciar el Internet Explorer después de cambiar este valor.

Posible Causa:
Debido a conflictos con diversos Antivirus, o existía un antivirus que fue desinstalado o reemplazado con otro. El cual dejo activado el registro de ScanWithAntiVirus